Либретто к «Мазепе» написал Виктор Петрович Буренин по мотивам поэмы Пушкина «Полтава». Однако Чайковский внес в него изменения, по возможности заменяя текст Буренина текстом Пушкина, не теряя при этом внимания первого к главному герою, Мазепе, и не охватывая более широкого исторического масштаба второго. Опера состоит из трех действий и шести сцен, действие которой происходит в России начала восемнадцатого века. Мария, дочь богатого казака Кочубея, признается в любви гораздо старшему Мазепе. Затем Андрей признается ей в своей страстной любви. Мазепа просит у Кочубея руки дочери, но получает отказ. План Кочубея раскрыть царю антицарские происки Мазепы имеет неприятные последствия, в результате чего он попадает в темницу. Тем временем Мазепа раскрывает свои планы Марии, которая ничего не знает о заключении своего отца. Любовь, мать Марии, сообщает ей о тяжелом положении отца. Мария спешит спасти своего отца, но прибывает через несколько секунд после того, как его обезглавливают. Во время Полтавской битвы Андрей устраивает засаду на Мазепу, который затем стреляет в него. Мария утешает умирающего Андрея, а Орлик утаскивает Мазепу.
