Gerardo Aponte iniciou seus estudos musicais no programa de Orquestras e Coros Juvenis do México em 1992, permanecendo neste programa até 1994. Continuou seus estudos em particular e foi ensinado por Lech Kwapisz, Jan Sosnowsky, Mikhail Tolpigo e Manuel Suárez, entre outros. Teve aulas de composição com Salvador Rodríguez. Foi violista em muitas das orquestras mais importantes do México, como a Orquestra Sinfônica Nacional (OSN). No que diz respeito à música de câmara, foi membro do Quarteto de Cordas Silvestre Revueltas, Ensamble Permutaciones e Tempus Fugit.