У свої останні роки Бетховен, як і багато інших композиторів, звертався до музики Й. С. Баха за новими ідеями. Однак захоплення Бетховена майстром пізнього бароко почалося ще в Бонні. Можливо, як шанування прелюдій і фуг Баха в кожній тональності, Бетховен створив дві прелюдії, в обох використавши кожну з 12 основних тональностей. Це менш вдалі твори, ніж його пізніші контрапунктичні шедеври, такі як Соната для фортепіано № 28, ор. 101, перша частина струнного квартету, ор. 131, і Велика фуга, ор. 133. Можливо, Бетховен написав Прелюдії, ор. 39, як композиційні вправи для свого вчителя Крістіана Готлоба Ніфе (1748-1798). Прелюдії були опубліковані в 1803 році Гофмейстером і Кюнелем у Лейпцигу.
