Nos seus últimos anos, Beethoven, como muitos outros compositores, recorreu à música de JS Bach em busca de novas ideias. No entanto, a admiração de Beethoven pelo falecido mestre barroco começou enquanto ele ainda estava em Bonn. Possivelmente como uma homenagem aos prelúdios e fugas de Bach em todas as tonalidades, Beethoven compôs dois Prelúdios, ambos empregando cada uma das 12 tonalidades maiores. Estas são obras de menos sucesso do que suas obras-primas contrapontísticas posteriores, como a Sonata para Piano nº 28, Op. 101, o primeiro movimento do Quarteto de Cordas, Op. 131, e Grosse Fuge, op. 133. É possível que Beethoven tenha escrito os Prelúdios, Op. 39, como exercícios de composição para seu professor, Christian Gottlob Neefe (1748-1798). Os Prelúdios foram publicados em 1803 por Hoffmeister e Kühnel em Leipzig.
