Rudolf Karel był synem biednego pracownika kolei. W latach 1899-1904 studiował kompozycję u Antonína Dvořáka i grę na organach u Josefa Klički w Pradze. W Pradze brał udział w ruchu oporu i w marcu 1943 został aresztowany. Po dwóch latach internowania w Pankrác (1943–1945) Karel został wysłany do obozu koncentracyjnego w Theresienstadt (często używanym jako punkt tranzytowy do Auschwitz, ale używanym jako „obóz modelowy”, gdzie sztuka była do pewnego stopnia tolerowana; wielu artystów i kompozytorzy, m.in. Pavel Haas, Viktor Ullmann, Hans Krása i Gideon Klein), gdzie po miesiącu zmarł na czerwonkę.