Gerardo Aponte rozpoczął studia muzyczne w programie Młodzieżowych Orkiestr i Chórów Meksyku w 1992 roku i pozostał w tym programie do 1994 roku. Studia kontynuował prywatnie, ucząc się między innymi u Lecha Kwapisza, Jana Sosnowskiego, Michaiła Tolpigo i Manuela Suáreza. Brał lekcje kompozycji u Salvadora Rodrígueza. Był altowiolistą w wielu najważniejszych orkiestrach Meksyku, takich jak Narodowa Orkiestra Symfoniczna (OSN). W zakresie muzyki kameralnej był członkiem kwartetu smyczkowego Silvestre Revueltas String Quartet, Ensamble Permutaciones i Tempus Fugit.