كانت موسيقى الأرغن الخاصة ببوكستيهود ذات أهمية أساسية في الانتقال إلى أنماط الأرغن الحديثة، وقد استفادت بشكل كامل من التكنولوجيا المتطورة للآلة. تشتمل أعماله في مجال الأرغن على تقليد الأشكال الموسيقية الحرة (التوكاتا، وما إلى ذلك) بالإضافة إلى الشكل المبني على اللحن الكورالي المقدس.
